明末，喀尔喀部归察哈尔林丹汗管辖，察哈尔归附后金，喀尔喀部也与后金有往来。向后金国贡驼马，崇德间始贡"九白"，顺治朝设八扎萨克，分左右二翼，康熙间正式归附清朝。初分三部为十谢图汗部、车臣汗部和扎萨克图汗部，雍正间增赛因诺额部，遂称喀尔喀四部。

喀尔喀蒙古归附于清朝，经历了一个由通贡贸易到正式臣服的过程，经历了几十年时间，有的部落与清朝来住多些早些，大致经过了内部矛盾，外部入侵：两次会盟等过程。

喀尔喀蒙古王公贵族为争夺牧场、牲畜和属众发生内讧。康熙年间，扎萨克图汗成衮和土谢图汗察浑多尔济因争夺逃亡属众发生战争，而后沙喇继任扎萨克图汗，土谢图汗执杀扎萨克图汗而夺其妾。康熙二十七年(1688年)准噶尔蒙古噶尔丹，乘喀尔喀内讧之机，率三万骑兵入侵喀尔喀；喀尔喀牧民在战乱中多逃住内蒙古，清朝政府将他们安置在乌珠穆沁、浩齐特、扎赉特、阿巴噶、乌喇特、茂明安、四子部落等各部游牧地的界内或界外。土谢图汗部骑兵与噶尔丹在鄂罗会诺尔鏖战三日，察珲多尔济兵败后，联合其弟哲布尊丹巴呼图克图"吁请内附"。

库抡伯勒齐尔之盟。康熙间扎萨克图汗部与土谢图汗部因争属众发生战争。康熙二十五年(1686)清政府派理藩院尚书阿喇尼，会同达赖喇嘛代表噶勒旦西勒图前往调停。清廷目的是保卫边境安全。集中力量在东北对付沙俄入侵。土谢图汗部代表哲布尊丹巴呼图克图。扎萨克图汗部代表沙喇与清政府代表阿喇尼和达赖喇嘛使者，四方代表会集库抡伯勒齐尔，在会谈中下令土谢图汗部"尽遣所收逃众"，扎萨克图汗部也应如数归还，四方商谈未达成协议，土谢图汗部仅以一半逃众归还扎萨克图汗。这次会盟为后来的多伦诺尔会盟打下基础。

多伦诺尔会盟。喀尔喀王公贵族内讧，噶尔丹乘机进攻喀尔喀，迫使喀尔喀民众南迁；清廷为了巩固北部安全，选择了内外蒙古适中地点多伦诺尔(今内蒙古多伦具)。康熙三十年(1691)4月，康熙帝亲率文武百官及上三旗官兵，由张家口出边"抚绥"蒙古，派遣兵部尚书马齐前往多伦诺尔安排会盟礼仪。外蒙古三汗随内扎萨克四十九旗王公贝勒贝子公等先期到达，先驻离多伦诺尔御营百里之外，后移至五十里之外驻帐。届时外蒙古汗济农台吉等三十万人列于右，以土谢图汗察浑多尔济为坐次之首，与众百官朝见康熙帝。通过这次会盟在喀尔喀蒙古实行内扎萨克蒙古的设旗编佐制，在保留喀尔喀三部汗号的基础上，去其原有的济农、诺额之名，与内蒙古四十九旗一例编设，并对三部各济农诺颜等封以亲王、郡王、贝勒、贝子等爵。从此喀尔喀蒙古正式列入清朝版图，这对于加强清朝北部边防，巩固统治，有力抵御沙俄入侵，以及恢复喀尔喀民众因战乱受到破坏的生产、生活，是有积极意义的。噶尔丹的进攻，使喀尔喀牧民的生产遭受破坏?大批难民生活贫困，他们失去牲畜和蒙古包。清朝政府对南逃的喀尔喀牧民采取了一是赈济，发归化城、张家口和独石口的粮食，赈济难民；二是派清朝所属官员、从归化城和四子部落抽调官员前往管理；三是设临时扎萨克，管辖逃来之众。喀尔喀蒙古遂成为清朝的北部屏藩，防备朔方，比长城更为坚固。

在喀尔喀蒙古归附于清朝的过程中，值得记一笔的人物是哲布尊丹巴呼图克图。他姓博尔济吉忒，原名扎那巴扎尔，为土谢图汗衮布多尔济之子，察珲多尔济之弟。1634年(天聪八年)转世，后入藏学法，返回喀尔喀，宣扬黄教，僧众称为温都尔格根。噶尔丹进攻喀尔喀蒙古，喀尔喀的僧俗封建主有的主张投奔俄罗斯，有的主张投靠清朝，众议不定，众人请决于黄教首领扎那巴扎尔。哲布尊丹巴呼图克图认为俄罗斯素不奉佛，风俗与蒙古不同，语言和服饰不同于蒙古，因此投靠俄罗斯不是久安之计。赞同车臣汗部纳木扎勒首倡内附清朝的意见，带领喀尔喀僧俗封建主及其属民南下求援归附清朝。清廷令其掌管喀尔喀黄教事务，是为喀尔喀第一世哲布尊丹巴，蒙古称其温都尔格根。年九十圆寂。