岭北地区布满了蒙古诸王、贵族的领地。拖雷系诸王分布在阿尔泰山以东至克鲁伦河上游，其东为成吉思汗弟搠只合撒儿(后裔为长者封齐王，分地在今额尔古纳河、海拉尔河和呼伦湖一带)、合赤温(后裔为长者封济南王，分地在今内蒙古东乌珠穆沁旗及其以北地区)、别里古台(后裔为长者封广宁王，分地在今鄂嫩河和克鲁伦河中游一带)。阿尔泰山以西至额尔齐斯河仍属窝阔台后王秃满(封阳翟王)。逊都思千户锁儿罕失剌的封地在今色楞格河一带，八邻部万户豁儿赤世袭领有额尔齐斯河以东的森林地带，斡亦剌部驸马(封延安王)的封地在今色楞格河上游以北至毕克穆河一带。居住在贝加尔湖东西的八儿忽、火里、秃马、不里牙惕等部，则受元廷直接管辖。

在漠南地区，阴山以北居住着汪古部。1214年，成吉思汗又将新占领的金朝土地分封给札剌亦儿、兀鲁、忙兀、弘吉剌、亦乞列思等五投下和汗的弟侄。灭西夏后，原属西夏的今鄂尔多斯、贺兰山、额济纳河、河西走廊和青海等地相继被分赐给诸王，大批蒙古牧民也随着南迁。元朝统治时期，除兴安岭地区属岭北行省外，在上述地方分别设立了宣慰司或路，由辽阳、陕西、甘肃等行省和中书省管辖。德宁路、净州路、集宁路、砂井总管府属汪古部；应昌路、全宁路属弘吉剌部，宁昌路属亦乞列思部；上都路元初为札剌亦儿部、兀鲁郡王营地。永昌路属阔端、沙州路隶八都大王、山丹州属阿只吉分地、西宁州属章吉驸马分地。河套的部分地区为忽必烈子忙哥剌的领地。